Η ΜΕΣΟΓΕΙΟΣ στηρίζεται στην συνεχή αναζήτηση καινοτόμων λύσεων για τα περιβαλλοντικά προβλήματα. Σε αυτά τα πλαίσια το 2006 διέθεσε το 2% του κύκλου εργασιών της για έρευνα και ανάπτυξη. Στόχος μας είναι σταδιακά να διαθέτουμε το 4% του συνολικού κύκλου εργασιών μας σε R&D δραστηριότητες, κατά τα πρότυπα των μεγαλύτερων εταιρειών τεχνολογίας περιβάλλοντος της Ευρώπης.

Η ΜΕΣΟΓΕΙΟΣ διαθέτει τμήμα R&D με βασικούς στόχους την ανάπτυξη νέων μεθόδων και τεχνικών, καθώς και την συνεχή έρευνα της παγκόσμιας αγοράς για τον εντοπισμό πρωτοποριακών λύσεων και κατάλληλων συνεργατών. Στο τμήμα R&D της ΜΕΣΟΓΕΙΟΥ αναπτύσσουμε δραστηριότητες στους εξής βασικούς άξονες:

1. Χρήση μεμβρανών ultrafiltration στην επεξεργασία νερού και υγρών  αποβλήτων, Ανάπτυξη της τεχνολογίας Moving Bed Biofilm Reactor στην επεξεργασία λυμάτων
2. Αερόβια βιοσταθεροποίηση στερεών αποβλήτων
3. Ξήρανση της βιολογικής ιλύος

Ήδη λειτουργούμε δύο pilot plants:

1. Στην Κοζάνη χρηματοδοτήσαμε και λειτουργούμε pilot plant για την επεξεργασία της βιολογικής ιλύος με ιπτάμενη τέφρα.
2. Στο νομό Ηρακλείου χρηματοδοτήσαμε και λειτουργούμε pilot plant για την επεξεργασία αστικών λυμάτων με την μέθοδο Moving Bed Biofilm Reactor.